בני ינאי שימש בשנים 2013-14 כמנהל אגף א' משאבי אנוש ומינהל ברשות להסדרת התיישבות הבדואים בנגב במשרד ראש הממשלה. במסגרת זו ניהל ינאי את עבודת הרשות בכל נושא כוח האדם, תקציבים, לוגיסטיקה ורכש, מחשוב וטכנולוגיה. קודם לכן, שימש ינאי שלוש שנים כממונה מבצעים וחקירות בהנהלת רשות המסים ולפני כן ניהל כשנתיים את יחידת היס"מ (סמים מכס) במכס חיפה והצפון.