Анастасия Спицина

Новосибирск

Анастасия Спицина

Новосибирск

Для измерения уровней экспрессии генов широко используются экспрессионные ДНК-микрочипы, позволяющие одновременно измерить экспрессию десятков тысяч генов. Накоплен огромный массив клинических данных об экспрессии генов в различных типов клеток и тканей человека, который может применяться для решения широкого круга задач биоинформатики, связанных с исследованием фундаментальных вопросов регуляции транскрипции, тканеспецифичности экспрессии генов, реконструкции и анализа структуры генных сетей. Одна из наиболее распространенных платформ для решения задач оценки экспрессии - микрочипы Affymetrix GeneChip, использующие короткие последовательности олигонуклеотидов для выявления генов, содержащихся в образце РНК. Разработана компьютерная программа, позволяющая отфильтровать зашумленные сигналы экспрессии на микрочипе и упростить работу с большим объемом данных. С помощью разработанной программы были выявлены структурные особенности генов с высокой экспрессией в клетках тканей мозга (число экзонов, длина транскрипта, связь с альтернативным сплайсингом). Полученные с помощью данного инструмента результаты могут быть использованы в дальнейшем процессе исследования генных сетей и метаболических путей. Целью исследования является изучение биологических функций выделенных генов в структуре генных сетей, их взаимосвязей, практическим результатом – набор программ анализа экспрессионных данных.

Код программы свободно доступен по лицензии для программного обеспечения, одобренной Open Source Initiative.

Публикации:

1. Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Суслов В.В., Кулакова Е.В., Спицина A.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Орлов Ю.Л. Геномная организация и контекстные характеристики генов с повышенной экспрессией в клетках мозга // XVI Всероссийская научно-техническая конференция Нейроинформатика-2014. Сборник научных трудов. Часть 2. М.: НИЯУ МИФИ. – 2014. С. 32-42.

2. Спицина А. М., Компьютерное исследование экспрессии генов человека с использованием базы данных BioGPS микрочипов Affymetrix U133 // Материалы 52-й международной научной студенческой конференции "Студент и научно-технический прогресс", Новосибирск, 2014

  • Work
    • Институт Цитологии и Генетики СО РАН
  • Education
    • Новосибирский государственный университет