Mastodon è una rete sociale decentralizzata - in altre parole, non è amministrato da nessun individuo, governo o azienda. La piattaforma è open source, il che significa che chiunque può creare la propria versione di Mastodon, o nel termine tecnico un'istanza di Mastodon.

Il decentramento della moderazione dei contenuti, è molto più efficace nell'individuare gli abusi e nell'agire rapidamente. La struttura centralizzata di Twitter, che si occupa di una grandissima massa di utenti, rende il processo decisionale più lungo. È più difficile individuare gli abusi, e la preoccupazione dell'azienda per la libertà di espressione fa sì che la decisione di un messaggio offensivo richieda giorni - abbastanza lunghi perché una bugia o un infortunio si diffonda nella rete.